Dann schau nochmal im Verzeichnis /etc nach. Dort sollten die Dateien pacman.conf und pacman.conf.pacnew existieren.
Wenn du dir unsicher bist kannst du ja erst pacman.conf in pacman.old umbenennen, und anschließend pacman.conf.pacnew in pacman.conf.
Ich mach das in über den Gnome Dateimanager (Nautilus), geht in Thunar bestimmt auch (wegen der benötigten root Rechte).
Danach noch:
Damit löschst du dann endgültig das leere und nicht mehr benutzte
community Repo.
edit:
Nur als Hinweis:
Das Script "pacdiff" sucht und bearbeitet nicht nur die Datei pacman.conf sondern auch andere, wie z.B. die Datei grub.conf
Deshalb mein Vorschlag mit der Umbenennung wie oben beschrieben.